北京市計算中心成立于1973年，是經北京市計劃委員會、北京市科教組批復成立的一所科研服務型事業單位。1978年，聯合國開發署同計算中心進行合作，向計算中心提供技術援助一千余萬美元，建立了“北京國際經濟合作信息處理和培訓中心”，引進大型計算機，在此領域首創國際合作之先河。1984年，北京市成立北京市科學技術研究院，北京市計算中心劃歸市科研院管理。2000年，計算中心轉制為全民所有制企業，致力于應用計算技術研究和服務。
北京市計算中心做為國內最早的一批計算中心之一，是中國很有影響力的計算機應用服務專業機構，服務對象則涉及政府、工業、商業、教育、交通、社會事務等多個領域。匯集了許多高學位、交叉學科領域優秀人才。北京市計算中心曾經為國內、尤其是北京地區的計算機技術普及、應用和發展做出了重要貢獻，現已經完成了上百項國家和北京市政府有關部門委托的研究項目和面向多種用戶的服務型項目，先后獲得省部級成果獎30多項，擁有多項國內外領先的技術專利。近年來，經過不斷改革、發展，北京市計算中心擁有近十家企業，三個研究機構（包括兩個重點實驗室），是中國高性能計算機產業聯盟的依托單位。
2009年起，計算中心的業務向高性能計算和云計算領域發展。2010年，計算中心開始創建“工業云”服務平臺，從而明確了高性能計算和云計算技術以及“云”商業模式的落地方向。2011年，工業云成為北京市“祥云計劃”十大重點示范工程項目之一。工業云是面向工業企業，尤其是對制造型中小企業提供產品創新的公共服務平臺。它涵蓋了工業產品計算機輔助研發所需要的各種工具軟件，通過互聯網向廣大用戶提供的一種新型IT服務。該工業云平臺聚集內、外部專家資源，向企業提供工業設計、仿真、數字建模、渲染、培訓等線下和在線的延伸服務。目前工業云平臺已經初步建成具有200萬億次計算能力。2010年11月通過ISO27001信息安全管理體系認證。2011年5月，北京市科學技術委員會認定計算中心“云計算關鍵技術與應用重點實驗室”為北京市重點實驗室。